调味品营养较为丰富，在一定生产和（或）储存条件下，容易被微生物污染。例如酱油、酱、食醋等产品受到产膜酵母菌污染表面易产生白色的霉斑，逐渐形成白色皱膜，颜色也由白色变为黄褐色。被黄曲霉菌污染，能产生黄曲霉毒素；被细菌或致病菌污染，食用后会造成食物中毒。

微生物含有可分解各种有机物的酶类。这些微生物污染调味品后，在适宜条件下大量生长繁殖，食品中的蛋白质、脂肪和糖类等营养成分可在各种酶的作用下分解，使食品感官性状恶化，营养价值降低，甚至腐败变质。