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“推进公立医院改革试点”是国务院《医药卫生体制改革近期重点实施方案(2009-2011年)》5项重点改革当中的重要一环，也是新医改当中最复杂的一个部分。中投顾问医药行业研究员郭凡礼指出，由于推进公立医院改革试点直接触及了“以药养医”体制的顽疾，因此，如今这项改革进入了一个瓶颈期，到现在为止公立医院改革都难以完成其破冰之旅。
中投顾问医药行业研究员郭凡礼指出，之所以说推进公立医院改革试点难以完成破冰之旅，一方面是因为公立医院改革试点触碰到某些部门、集团的利益，使得改革试点难以推行；另一方面，其实公立医院从一开始就对新医改持一种冷漠的态度，这是因为对于公立医院而言，新医改的推行只能使其收入减少、利润降低。因此，推行公立医院改革明显缺乏动力。
根据中投顾问产业研究中心资料显示，目前我国医院及医疗机构的收入来源主要有三部分：药品的销售收入、政府财政投入以及医院的诊疗服务收入。其中药品的销售收入是医院收入的大头，在我国“以药养医”的体制下，医院只能依靠药品收入来弥补经费不足。然而新医改方案推出以后，实行基本药物制度、实行“零差率销售”都给医院及医疗机构增添了不少压力。
郭凡礼指出，这样一来，一直依托于药品销售而生存的医院利润急剧下降，这显然让医院及医疗机构不满。虽然对于消失的这部分利润政策明确表示地方财政将给予补偿，但从新医改推行到现在的状况来看，就算是广东这样财力雄厚的经济大省其地方财政补偿也只能勉强维持，那么对于地方财政偏紧的地区来说其“政府补偿”更是处于经常缺失的状态。
郭凡礼同时指出，另一方面，由于新医改施行一年收效甚微，药价虚高现象越演越烈。因此，中央层面开始加大力度打击高价药，对药品的招标配送等各个环节出台新政加以规范，比如最近广东省公布的《关于对药品价格实行“三控”管理的通知》，要求对实行政府指导价的药品采取控制药品的最高零售价、实际供货价以及流通差价率的“三控”管理。也就是说，今后药品从出厂、批发、零售每一环节的加价率都要在规定的范围之内，这也让医院及医疗机构相当“恼火”。
中投顾问医药行业研究员郭凡礼指出，新医改和公立医院两者之间矛盾深重。一方面，公立医院在“以药养医”的体制下靠药品的销售生存；另一方面，新医改的推行必然会触碰公立医院的利益。也正是因为如此，我国的公立医院改革才困难重重。说严重一点，公立医院在有些时候其实是反对医疗体制改革的，因为新医改损害了公立医院的既得利益。
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