收费公路所占比率虽不多，但其投入却是不菲。
公报显示，截至2013年底，全国收费公路累计建设投资总额为54432亿元（不含已取消收费公路，下同）。其中，高速公路累计建设投资49067亿元，其它公路累计建设投资5365亿元，分别占累计建设投资总额的90.1%和9.9%。
北交大经管学院教授赵坚表示，公路、铁路、机场等交通基础设施建设，其资金基本是由占总投资30%到50%左右的资本金作为启动资金，其余资金一般都是贷款，有时候这一比率可能更低。
高比率的债务性资金投入，导致大量收费公路亏损。近期，一些地方政府推出了收费公路收费延期的政策。
收费公路亏损严重
公报显示，截至2013年底，全国收费公路累计资本金投入为16876亿元，占收费公路累计建设投资总额的31.0%。全国收费公路累计债务性资金投入为37556亿元，占收费公路累计建设投资总额的69.0%。
在累计债务性资金投入中，银行贷款35160亿元，其它债务2395亿元，分别占累计债务性资金投入的93.6%和6.4%。公报称，截至2013年底，全国收费公路债务余额为34308亿元。全国收费高速公路中，政府还贷高速公路债务余额17559亿元，经营性高速公路债务余额13727亿元，分别占收费高速公路债务余额的56.1%和43.9%。
高比率的债务性资金投入，导致大量收费公路开通之日，即是其亏损之时，因为收入基本上都给还本付息的支出“吞没”。
公报给出了一笔账
2013年度，全国收费公路通行费收入为3652亿元。而支出方面，2013年度，全国收费公路支出总额为4313亿元。其中，还本付息支出3147亿元，养护经费支出390亿元，运营管理支出457亿元，税费支出214亿元，其他费用支出104亿元，分别占收费公路支出总额的73.0%、9.0%、10.6%、5.0%和2.4%。
2013年度，全国收费公路还本付息支出占当年通行费收入的86.2%。其中，偿还债务利息1707亿元，偿还债务本金1440亿元，分别占收费公路还本付息支出的54.2%和45.8%。
2013年度，全国收费公路收支平衡结果为负661亿元，即整体亏损661亿元。其中，政府还贷公路亏损560亿元，经营性公路亏损101亿元；高速公路亏损618亿元，一级公路亏损37亿元，二级公路亏损9亿元，独立桥梁隧道盈余3亿元。
收费公路减免通行费让其收支情况雪上加霜。2013年度，全国收费公路共减免车辆通行费428亿元。其中，鲜活农产品运输车辆减免226亿元，重大节假日小型客车免费通行减免149亿元，军警和抢险救灾车辆等减免53亿元，分别占通行费减免总额的53%、35%和12%。这其中，重大节假日小型客车免费通行减免149亿元是新近推行的，其余各项则已推行了很长时间，大部分属于公益性质。
地方政府还贷压力大
与收费公路亏损相对应的是，近期一些地方政府推出了收费公路收费延期的政策。
2014年12月31日山东省政府同意对2004年《收费公路管理条例》施行前山东省通车及在建的政府还贷高速公路继续收费。
山东省交通运输厅副厅长范正金说，2015年底，山东省境内收费期限达到或超过15年的政府还贷高速公路，总数将达到15条，其中能还清银行贷款的项目只有2个，其他13个项目均不能按期偿还完贷款。“而且每收费1元，当中有0.86元是用来偿还贷款。”他说。
据了解，2013底山东省曾对15条收费到期的政府还贷高速公路延期收费，其中6条原定收费期不足15年的政府还贷高速公路，收费期延长至15年，9条收费期满15年的政府还贷高速公路将再延期收费1年；而此次批复并未明确延期期限，只是“继续收费”，待国家出台新政策后执行相关规定。
交通运输部政策研究室一位人士表示，实际上大部分欠发达省份的收费公路都是亏损严重，原因是这些地方超前建设比较严重，大部分高质量的收费公路并没有达到预期的客流量，收入不敷支出，当地政府财政压力很大，都有延长收费公路期限的压力。
一方面，收费公路亏损让政府焦头烂额，而收费延期则让民众怨声载道。解决之道何在？赵坚称，目前中国的汽车保有量只相当于美国的1/4，但中国已经规划的高速公路总里程是美国的2倍以上。正是这种超前建设严重的情况导致上述两难境地的出现，未来交通部门在规划方面不能太过超前，要考虑到实际经济发展水平和资金来源，更多的按照市场需求来安排建设计划和进度。
