一是产业结构层次、产业集中度低，集约化发展、资源优化配置、行业整合重组滞后，产品结构不合理，初级产品比重仍过大，高附加值精细磷化工产品发展相对迟缓。

二是磷肥产能过剩严重，原材料涨价成本性推动产品价格高企又导致国内需求萎缩，但很多地方和一些民营企业仍在盲目发展。市场竞争加剧，磷肥行业进入重新洗牌阶段。

三是为保证国内供应，抑制肥价波动，减轻农民负担，保障粮食安全，国家采用加征100%出口关税的严厉调控手段限制磷肥产品出口，使磷肥生产下降，企业库存增加，资金严重短缺，全行业陷入前所未有的困境。

四是磷矿资源日益短缺。我国是磷资源大国，但资源“丰而不富”，在技术上可以利用、真正具有经济价值的磷矿储量为40.54亿吨，仅占总储量的22%。资源短缺与浪费并存，给可持续发展带来压力。

五是磷肥产业区域环境容量有限，生态环境脆弱，承载能力较低，稍不注意就会带来环境污染问题。规模扩张给生态环境带来巨大压力。